超人X

1998年に「超人」の増加により混乱を極めた世界国家が「自治県」に分断されてからはや50年以上が過ぎた世界。乙田エリイ（おった えりい）は祖父のかわりに農作物の品評会に行くために旅客機に乗っていた。ところが、同じ旅客機に搭乗していた煙の超人・チャンドラ・ヒュームによって墜落させられてしまう。その後、ヤマト県に住む高校生の黒原トキオ（くろはら ときお）と東アヅマ（ひがし あづま）は、超人の仕業と噂される旅客機の墜落事故の処理のボランティアに行っていた。しかし、凄惨な現場にも関わらず生存者が200名もおり、機体の損傷も少ないといった奇妙な点があった。ボランティア帰りの2人は先日アヅマが両腕の骨を折った不良に絡まれるも、不良の両腕は完治していた上に様子が普段とは異なるものであった。軟体の超人となった不良に追いつめられたトキオとアヅマは、互いに超人となる覚悟を決める。そして獣化の超人となったトキオは不良をやっつけたのだった。一方、チャンドラに見つかり追いかけられていたエリイも超人としての力に目覚めていた。しかし、チャンドラに殺されかけていたエリイをヤマトモリに所属する超人である星・サンダーク（ほし・さんだーく）に助けられる。こうして、トキオとエリイの2人は、超人としての生活を送ることになる。

鵺が倒れ、エリイが新たに徴を受け取り、一件落着に見えたその瞬間、空から大量の飛行機がヤマトに降り注いだ。更に、ヤマトモリでは塔での戦いの最中、何者かの手によって窓月子が殺害されていた。ヤマトモリの過去を清算するような戦いが終わり、新たな未来への長き戦いが始まろうとしていた。我々に予見は必要ない