超人X

1998年に「超人」の増加により混乱を極めた世界国家が「自治県」に分断されてからはや50年以上が過ぎた世界。乙田エリイ（おった えりい）は祖父のかわりに農作物の品評会に行くために旅客機に乗っていた。ところが、同じ旅客機に搭乗していた煙の超人・チャンドラ・ヒュームによって墜落させられてしまう。その後、ヤマト県に住む高校生の黒原トキオ（くろはら ときお）と東アヅマ（ひがし あづま）は、超人の仕業と噂される旅客機の墜落事故の処理のボランティアに行っていた。しかし、凄惨な現場にも関わらず生存者が200名もおり、機体の損傷も少ないといった奇妙な点があった。ボランティア帰りの2人は先日アヅマが両腕の骨を折った不良に絡まれるも、不良の両腕は完治していた上に様子が普段とは異なるものであった。軟体の超人となった不良に追いつめられたトキオとアヅマは、互いに超人となる覚悟を決める。そして獣化の超人となったトキオは不良をやっつけたのだった。一方、チャンドラに見つかり追いかけられていたエリイも超人としての力に目覚めていた。しかし、チャンドラに殺されかけていたエリイをヤマトモリに所属する超人である星・サンダーク（ほし・さんだーく）に助けられる。こうして、トキオとエリイの2人は、超人としての生活を送ることになる。

七州（ななす）全土での「II（ツー）ゲルタ」との戦いは未だ熾烈を極めていた。各所で防衛線を続けていたが戦況に変化が訪れず、七州連合軍は若手キーパーの育成を急ピッチで進めることに。そんな中、ヤマトからヒゴへの列車に乗っていたアルル・シャントと聲森レトリックは突然、刃倶（じんぐ）の攻撃を受け…。はじめに黒い海があった。