結城友奈は勇者である

時は神世紀300年の四国。結城友奈は讃州中学校に通う中学2年生。自らが所属する部活の「勇者部」で、大親友の東郷美森、勇者部部長の犬吠埼風、風の妹の犬吠埼樹の4人で人々の役に立つため、さまざまな活動に励む毎日を送っていた。しかしそんな平穏な日常は、端末から突如発せられたアラームとともに終わりを迎える。神樹が作る結界「樹海」に飛ばされた友奈たちは、風から自分がこの世界を統べる組織・大赦から派遣された使者であること、勇者部は大赦の指示によって集められた勇者の適性を持った集団であること、四国各地で同じように集められた勇者候補の中から、自分たちが神樹によって勇者に選ばれたこと、バーテックスと呼ばれる敵は神樹を目標にしており、バーテックスが神樹に達した時、世界が滅亡することを聞く。最初は戸惑う友奈たちだが、神樹を、そして人類を守るために、神樹の勇者として戦う決意を固め、バーテックスに立ち向かう。

乃木園子と東郷美森の邂逅を経て、勇者部は残酷な勇者システムの真実を知り、苦悩する。果たしてこの世界に救いはあるのか......?