とある科学の一方通行

東京都の西側3分の1の規模、総人口230万人のうち8割を学生が占める「学園都市」。その学園都市でも7人しかいない「超能力者（レベル5）」の1人であり、学園都市最強の超能力者「一方通行（アクセラレータ）」は、「打ち止め（ラストオーダー）」を救った代償として脳に損傷を負い、入院生活を余儀なくさせられていた。

最強最悪のレベル5の前に立ちはだかるのは400年の妄執。その妄執は学園都市に何をもたらすか......。