A.I.C.O. Incarnation

2035年、日本。黒部峡谷一帯では医療目的の人工生体の研究のための研究都市が形成されていた。その研究都市に属する桐生生命工学研究所にて起きた人工生命体暴走事故「バースト」。それにより渓谷一帯は人工生命体「マター」によって埋め尽くされ、政府によって管理がされる危険地帯になってから2年が経過していた。

2035年、近未来の日本。「人口生体」の研究中に起きた大事故“バースト”により、暴走した人口生命体“マター”が黒部峡谷一帯を侵食。人類にとって希望の地と謳われた研究都市は、政府によって立ち入りが禁じられた。それから2年後ーー。バーストで家族を失った15歳の橘アイコは、転校生の神崎雄哉から信じがたい事実を告げられる。それはアイコも知らなかった、自身の身体に隠された“秘密”だった。それを解く鍵は、バーストの中心地“プライマリーポイント”にあるという。アイコは、案内人の神崎雄哉と護衛部隊のダイバーたちと共に、封鎖されたエリアの侵入を決意するが......。人類の未来を背負う少年、少女が出会った時、明らかになる真実とは?